2013年4月15日星期一

胰岛素受体


胰岛素受体(IR)是一个由胰岛素、IGF-IIGF-II激活的跨膜受体,属于酪氨酸激酶受体的大家族。 从代谢角度来看,胰岛素受体在葡萄糖动态平衡的调节中起着重要的作用,其功能的退行性过程可能会导致一系列的临床表现,包括糖尿病和癌症。 从生化角度来看,胰岛素受体是由一个基因编码的,其转录产物的选择性剪切导致IR-AIR-B亚型。 各亚型下游的后转译事件产生蛋白水解出的α和β亚基,通过二硫键产生均聚体或杂二聚体,约为320 kDa的跨膜胰岛素受体。

结构

最初,衍生自INSR基因选择性剪切的转录产物,翻译成两个单独的亚基之一:IR-A,其外显子11被切除,IR-B则包含外显子11。包含的外显子11导致在furin蛋白酶水解位点的上游有额外的12个氨基酸。
受体的二聚体被蛋白酶裂解为α-和β-链,而额外的12个氨基酸仍保持在α-链的C端(指定αCT段),该处被预测为可以影响配体、受体的相互作用。
每一个等距单体结构上有八个不同的域,包括:一个富含亮氨酸的重复区(L1,残基1-157),一个胱氨酸富集区(CR,残基158-310),另一个富含亮氨酸的重复域(L2,残基311-470),三个III型纤连蛋白域,FnIII-1(残基471-595),FnIII-2(残基596-808,FnIII-3(残基809-906)。另外,一个插入域(ID,残基638-756)驻留在FNIII-2,含有α/β的furin蛋白酶裂解位点,从该蛋白在两个IDα和IDβ域水解的结果得出。在β-链内,FNIII-3域的下游有一个跨膜螺旋(TH)和细胞近膜(JM)区域,而上游的细胞内酪氨酸激酶(TK)催化结构域,负责为随后的胞内信号通路转导。
单体裂解成相应的α-和β-链,受体杂或均聚物的二聚由一个单一的二硫键链路维持,而单体的二聚则由两个从每个α-链延伸出的二硫键链接。整体的三维胞外结构域结构,有四个配位体结合位点,类似一个倒“V”。各单体旋转约两圈,轴线与倒“V”、L2FnIII-1域平行,形成倒'V顶点。

配体的结合

胰岛素受体的内源性配体,包括胰岛素,IGF-Ⅰ和IGF-Ⅱ。IR胞外结构域的α-链与配体的结合,诱导受体结构的改变,导致β-链细胞内激酶域各种酪氨酸残基的自身磷酸化。这些变化有利于募集特定的接头蛋白,如胰岛素受体底物蛋白(IRS),SRCSrc同源体2-BSH2-B),APS和蛋白质磷酸酶PTP1B,最终促进血液中涉及葡萄糖动态平衡的下游过程。
严格地说,IR和配体之间的关系具有复杂的变构性。这是由Scatchard图确定,其表明随着IR结合配体浓度的改变,IR结合配体到IR未结合配位的比率测量结果不服从线性关系,说明IR和相应的配体的结合是互相的。 此外,观察到IR-配体的离解率随着加入未结合配体而加快,意味着这种合作的性质是被动的。换句话讲,初始结合配体的IR抑制其进一步结合到第二活性中心——即变构抑制。
虽然精确的IR和其配体的结合机制尚未被系统地阐明,在结构上使用系统生物学方法,IR-配体动力学(胰岛素/ IGF-I)生物相关的预测,已确定其位于当前的提供IR胞外域结构的上下文。
这些模型表明每个IR单体拥有两个胰岛素结合位点:位点1,与胰岛素表面的“经典”位点结合,包括L1和αCT域;位点2包含FnIII-1FnIII-2的连接环,被预测是结合胰岛素的“新颖”六聚体面结合位点。 组成IR胞外结构域的各单体呈3D“镜像”互补,一个单体的N-末端位点1最终对着另一个单体位点2C-末端,而每一个单体也是镜像互补的(相反侧的胞外结构域的结构)。当前文献中通过命名第二单体的位点1和位点2为位点3、位点4或位点1`、位点2`来区分互补位点。
因此,这些模型表明每个IR会结合到胰岛素分子(其中有两个结合面),通过四个区域,位点123/1`4/2`。由于每一个位点1近端面对位点2,在胰岛素结合到特定的位点时预测会发生通过单体间的配体的“交联”(即[单体1位点1-胰岛素-单体2位点4/2`][单体1位点2-胰岛素-单体2位点3/1`])。根据当前的IR-胰岛素动力学数学模型,胰岛素交联事件有两个重要的结果:1,通过上述对IR和配体间的消极合作的观察,随后与IR结合的配体减少;2.交联的物理行为使得胞外域结构的改变需要细胞内酪氨酸磷酸化事件的发生。(即受体激活需要这些事件,并最终维持血糖稳态)

生物学意义

酪氨酸激酶受体,包括胰岛素受体,通过在细胞内添加磷酸基团至特定的酪氨酸来调节它们的活性。胰岛素受体磷酸化的“底物”蛋白包括“IRS-1”,为“胰岛素受体底物1”。IRS-1的结合与磷酸化,最终导致高亲和力的葡萄糖转运蛋白(Glut4)分子在胰岛素响应性组织膜外上的增加,包括肌肉细胞和脂肪组织,并因此增加从血液中的对葡萄糖的摄取。换言之,葡萄糖转运蛋白Glut4从细胞小泡运输到细胞表面,然后可以介导葡萄糖进入细胞的转运。

病理学

激活的胰岛素受体的主要功能是诱导葡萄糖的摄取。因为“胰岛素不敏感”的原因,或胰岛素受体信号的减少,导致II型糖尿病——细胞不能摄取葡萄糖,结果是高血糖症(循环中葡萄糖的增加),以及其他由糖尿病带来的后遗症。
抗胰岛素的患者会表现出黑棘皮病。
已报道有少数患者其INSR基因纯和突变,导致多诺或综合症或矮怪病。这种常染色体隐性遗传疾病产生完全非功能性的胰岛素受体 。这些患者中有低位、常突起的耳,喇叭形的鼻孔,厚嘴唇和严重的发育迟缓。在大多数情况下,这些患者的前景是非常差的,死亡发生在生命的第一年。同一基因的其他突变造成不太严重的Rabson-Mendenhall综合征,患者有典型的异常牙齿,牙龈增生和变大的松果体。两种疾病患者的血糖水平呈现波动,饭后葡萄糖最初是非常高的,然后迅速下降到异常低的水平。

基因表达的调控

活化的IRS-1作为一个细胞内的第二信使,刺激胰岛素调节基因的转录。首先,蛋白质Grb2IRS-1SH2结构域在P-Tyr残基处结合 。然后,Grb2能够绑定SOS,而这又催化与Ras(一种G蛋白)结合的GDP变为GTP。这种蛋白然后开始一个磷酸化级联反应,最终激活丝裂原活化蛋白激酶(MAPK),其进入细胞核磷酸化各种核转录因子(例如Elk1)

促进肝糖原的合成

糖原合成也通过IRS-1被胰岛素受体所促进。在这种情况下,PI-3激酶(PI-3K)的SH2域结合IRS-1P-try残基。激活后,PI-3K可以将膜脂磷脂酰肌醇-4,5 -二磷酸(PIP2)转化为磷脂酰肌醇3,4,5 -三磷酸(PIP3)。这间接激活了一种蛋白激酶,蛋白激酶BAkt),通过磷酸化。PKB然后磷酸化多个目标蛋白质,包括糖原合酶激酶3GSK-3)。GSK-3负责糖原合酶磷酸化(失活)。当GSK-3磷酸化时,它会失活,防止使糖原合酶失活。通过这种迂回的方式,胰岛素增加糖原合成。

胰岛素的降解

一旦胰岛素分子停靠到受体上并影响其活动,它会被释放回细胞外环境或被细胞降解。降解通常涉及胰岛素降解酶的作用,在胰岛素-受体复合物被内吞后 。大部分胰岛素分子是由肝细胞降解的。据估计,一个典型的胰岛素分子从最初释放到循环中到被降解共经历约71分钟。

交互

胰岛素受体已经显示出与下列蛋白的交互,内焦磷酸酶/磷酸二酯酶1PTPN11,GRB10,GRB7,PRKD,IRS1,SH2B1SMAD2

2013年4月2日星期二

再失手机


距离上个手机掉进厕所才半个月,新手机又遭不测。
昨天下午最后一节课在E308,我到了教室却发现只有我一个人。打电话给学习委员,得知课程调到周五了。没想到的是,这是最后一个电话。
我独自一人坐在最后一排看书,把手机插在墙上充电——这手机待机半天,便要耗去大半的电量。忽然,有人来锁门了。我稍微疑惑了一下为什么没有放学就要锁门,便收拾东西走了,忘记的是正在充电的手机。
换到一楼继续看了会儿书,才想起来手机没拿下来。心想,手机锁在教室里还算安全,明早早早来到教室便是。
当晚,早早睡下。大约三四点便醒了,看到天没有亮,便继续睡,又怕睡不醒,便不怎么踏实。就这样,看到天终于亮了。赶紧穿衣、拿东西,往教室奔去。
过马路时,广播刚刚响,大门刚刚开,便知道已是七点。匆忙赶到E楼,保洁员已经在打扫教室了。走到E308门前,心里恍惚了一下——手机不在。于是问保洁员,一位年长的阿姨。她说没有见到,建议我去找开门的人问问。
我急着找了好久,找到了D1楼教休室。一位大爷说开门的人不在,又说曾捡到过好几个手机,我们学生如此不小心云云,让我课间再来。
到了课间,才想起给手机打电话。没有发生奇迹,手机关机了,便又去教休室问。这时是另一位管理员,他说开门的还没在,还用了电话打,没打通,就叫我放学再来。
到了放学的时候,我抱着残存的希望去问,告诉我,人还没来,叫我晚上来。此时我已不知该怎么是好。回到宿舍,几个舍友幸灾乐祸,我一句“别说了行不”,便知道自己也不是颜回。
我想,为什么平日里也有拜佛诵经,却遭如此苦难,又想到平时也不怎么诚心,况且这一定是大灾化小。又觉得自己活到现在,受苦太多,便幻想了起来:第二天,我在教学楼前自焚,火堆前是自己的遗书,“吾年有二十,苦难至今。前手机落入粪池一旬,新手机又入虎口。乃知人生无常,唯苦唯多……情愿拿手机者见我此境,生惭愧心,生悲悯心,乃知发无上菩提,常做善事,勿造恶业……”想着想着,便不那么难受了。
晚自习前,看到教休室关着门,心里又难过起来。自习的时候,心里想着如何快点买到手机,如何瞒过父亲,如何省下买手机的钱……越想越难过,索性回宿舍罢。
途中,看到同学D,抱着幻想,用他的手机给保卫科打了电话,结果敷衍了事。想了想,给父亲打电话,可拨了号又不敢打,只得让D帮我说。说的自然是实话,D说,父亲说那就只能再买一个了,然后让我给他打电话。
我浑浑噩噩地回到宿舍,借了同学的电话拨过去。开口只说,“是我。”电话那头说,嗯,听着似乎要睡觉了。我说,“同学已经给你说了。”那头还是,“嗯”。停了一会儿说,“那就再买一个吧。你还有钱吗?”说有。“那你什么时候放假?我来接你。”我说明天。这样又说了两句,我的眼泪便下来了,声音也哽咽了。“没事没事,你再这样我可生气了。”我嗯,带着哭腔小声地。“爸有点感冒,要睡了,你回宿舍玩一会儿,打打游戏什么的,高兴高兴。”我答应,又过了两句,便挂了。
这时,我便想感谢拿走我手机的人了。我与父亲,前生大约的确是冤家。我从小比较依恋父亲和奶奶,但慢慢长大了,常常和他斗气,时常觉得,我是要被他逼死的,也不知想着轻生了多少次!可有时,总还是会真情流露,一流便是满脸泪水。
再想想,父亲今年已经五十了。时光迅速,人生果真无常,又如何不能生出大怖畏!
南无药师琉璃光如来,愿我家人增福延寿!
南无观世音菩萨,愿我家人事事如意!
南无十方三世一切佛,一切法,一切僧,愿众生离苦得乐,无有伤悲!

2013年3月27日星期三

基因的本质(分子生物学的作业)


最初,孟德尔以其对豌豆的研究,提出了遗传因子的概念。随后,摩尔根使用果蝇做实验,进一步阐明了基因的规律。接着,格里菲因、艾弗里的工作,使得人们意识到,基因在染色体上。然后,沃森、克里克的模型,使得人们对基因有了更深入的认识——基因是一段编码蛋白质的脱氧核糖核苷酸序列。
四种单体的排列组合,以及后续加工的不同,使得小小的基因绘制了壮丽的生命画卷。随着人们的深入研究,对基因的认识愈发深刻:顺反子、密码子、逆转录、内含子、转座子……一个个概念的提出,都代表人类对生命遗传现象的本质的探索更进一步。
个人以为,基因不是一个化学上的概念,而要从信息学去理解:基因是一段编码特定生物大分子的信息,以脱氧核糖核苷酸或核糖核苷酸作为载体。
基因不能孤立存在。这表现在两个方面。一是单个基因编码的蛋白质,必须存在于机体的代谢及调控网络中,与其他基因共同协作而发挥其作用。第二,作为包含某一个体完整遗传信息的基因库,没有了其他生物大分子的参与,也难以表现出生命现象。包括基因在内的各种生物大分子紧密合作,完成一个完整的生命周期。
基因不是一成不变的。复制时的突变,联会时的重组,病毒的入侵,及紫外线等外在条件的作用,都使得基因所承载的信息发生了变化。同时,在发挥作用的过程中,各种化学基团的修饰,上游及下游序列的变化,都影响着信息的表达——打开或关闭,张扬或低调,忠实或变化。最后,表达的产物也受其他基因的信息的表达的影响,以至于有时最终的结果违背了基因的初衷

2013年3月24日星期日

Clustal output as PDF

网上看到这个帖子http://liucheng.name/329/,输出clustal结果显得比较麻烦。
然后发现clustal可以创建pdf文件
File->Write Aligement as postscript
生成的ps文件用Acrobat等软件打开,就能生成pdf文件啦

2013年3月9日星期六

k2pdfopt GUI版

在网上找到的
用了一下
转换略慢
效果挺好
不过输出是图片
看论文的话还是不太方便
毕竟本人英语不好
第一次使用要设置k2pdfopt的路径
界面英文
网站提供了源码 期待高手汉化
http://www.students.uni-marburg.de/~Wallauej/k2pdfoptgui/k2pdfoptgui.html

下载链接:
http://www.students.uni-marburg.de/~Wallauej/k2pdfoptgui/k2pdfoptgui.html